但是，传统的高锰酸钾消毒工艺只能去除水源中的泥沙、胶体杂质、微生物以及20％～30％的天然有机污染物，主要针对受轻度污染的Ⅱ类水质。而近几年我国水污染事故频发，水中有机化合物种类繁多，传统工艺很难将其去除。
        “如果水源不合格，水厂应采取深度处理的方法。”清华大学教授王占生在接受记者采访时介绍说。
        所谓深度处理，就是在传统工艺上增加臭氧活性炭。王占生介绍，活性炭可以吸附容易吸附的有机物，而臭氧可以将大分子量的有机物，氧化成小分子量，从而更加有利于活性炭吸附。经过臭氧活性炭处理的饮用水，可以去除20％～30％的有机污染物，使出厂水质达标。
        目前北京几家水厂，已经采用了臭氧活性炭加工工艺，一些水厂也正在考虑使用膜工艺。北京的饮用水已基本达标，但是，除了个别一线城市外，我国绝大多数水厂都尚未做深度处理。
        全指标检测困难很大
        从《生活饮用水卫生标准》(GB5749－85)中35项检测指标到《生活饮用水卫生标准》(GB5749－2006)中的106项检测指标，水质标准对自来水公司、水厂提出了更多要求，即便如此，我国饮用水标准与国外标准仍有一定差距。
        据了解，《生活饮用水卫生标准》(GB5749－2006)中106项指标分为常规指标和非常规指标，其中，常规指标42项，非常规指标64项。检验 一个水样(全部106项指标)的费用约为1.5万元～2万元，这笔费用虽然不低，但添置设备的费用更高。以两种原虫的检验设备为例，需要50万元～80万 元，而购置一份试剂盒，需要5000元。除北京等超大城市外，其他城市没有相应的检测能力，新国标中涉及到的106项检测指标只能延迟到2012年7月1 日实施。
        管网老化 材质低劣
        据住建部、发改委、财政部联合印发的《全国城市供水管网改造近期规划(2006年~2007年)》中的统计数据显示，国内非正常运行的主干管中有32.8％存在材质低劣问题；37％严重老化，铺设时间大多在50年以上，管道内壁锈蚀、结垢严重。
        上世纪七八十年代是城镇供水的集中建设期，使用了大量陶管、石棉水泥管、混凝土管和灰口铸铁管等劣质管材，约占目前城市供水管网总长度的40％。其 中，约25％的管网损坏、漏失严重，难以保证输配水质。根据对全国地级以上城市的抽样调查，一些大中城市每年“爆管”次数均在1000次左右，主干管“爆 管”引起全城停水的现象也时有发生。
        另外，小区供水一般先将水注入水池或水箱，加压后再用子管道分送给居民，常常由于水池缺乏及时清洗和消毒或雨水进入造成污染。
        对此，李振东认为:“十二五”期间，应优先实施供水设施改造，积极推进城市和建制镇供水设施建设的协调发展，提高水质监测和应急保障能力，切实解决公众最关心的饮用水安全问题。