1、在犯罪主体的认定上

　　根据最高检1988年的司法解释“无照施工经营者在施工过程中强令从业人员违章冒险作业造成重大伤亡事故的，可以构成重大责任事故罪的犯罪主体”，但是从非法小煤窑的人员构成来看，生产从业人员均系经营者或系合伙人，不存在其它经营者强令其违章冒险作业的情形，在经营者不存在施加压力的情况下，发生事故，将难以处理。另外1997年刑法修改以前只规定有重大责任事故罪，虽然最高检于1988年3月18日下发了《关于无照施工经营者能否构成重大责任事故罪主体的批复》已明确指出“无照施工经营者在施工过程中强令从业人员违章冒险作业，造成重大伤亡事故的，可以构成重大责任事故罪主体”，但此司法解释系刑法修改以前下发，针对的是1997年刑法的重大责任事故罪，目前新刑法已从重大责任事故罪分离出重大劳动安全事故罪，那么此司法解释是否可适用于现已修订的刑法，目前尚不明确。再次，对于煤矿经营者不懂操作规程在现场瞎指挥，造成事故如何处理的值得探讨。而且操作者是服从经营者的命令作了违反规定制度的行为，能否作为134刑法条的犯罪主体也是值得探讨的。
　　按照《刑法》135条的规定重大劳动安全事故罪的主体是直接责任人员，但何为直接责任人员，法律未作详细规定，在司法实践中对直接责任人员一般认定为主管劳动安全保护工作的人员以及直接负责劳动安全的人员，然而由于煤矿企业分工的不规范，不明确，遇到具体个案时对直接责任人员的认定经常出现分歧。

　　2、在事故责任的区分和评估鉴定的程序上

　　重大责任事故在客观方面表现为(1)行为人必须具有违反规章制度或者强令工人违章冒险作业的行为；(2)行为人违反规章制度的行为发生在生产过程中并与生产有直接联系；(3)行为人违反规章制度的行为引起了重大伤亡事故，造成严重后果。重大劳动安全事故的客观特征：(1)劳动设施不符合国家规定；(2)经有关部门或单位职工提出后仍不对事故隐患采取措施；(3)不采取措施与重大责任事故之间有着客观的因果关系；(4)发生重大伤亡事故或其他严重后果。明确规定客观构成要件，有利于区分罪责、便于操作，但对于我省贫困地区的个体经营煤矿和无照非法小煤窑而言，因其设备简陋，缺乏技术、无证上岗存在众多安全隐患，事故一旦发生，责任难于分清，况且诱发事故的直接原因发生在哪一个环节，是何原因所引起，此问题是非常专业的技术问题，需要由专门的机构鉴定。目前，公安机关侦查人员没有这方面的专业技术知识和资质，井下的情况完全交由以省地质矿产主管部门人员组成的事故调查组，而调查组成员调查的原因与公安侦查的原因一旦有出入，案件则有可能搁浅。另处，在非法采矿罪和破坏矿产资源罪的相关司法解释中均已明确规定由省级地质矿产主管部门作出鉴定其数额和破坏性的方法，确认了省级地质矿产主管部门具有的资质，但针对重大责任事故罪和重大劳动安全事故罪未有明确的法律或司法解释规定何部门具有资质。

　　3、在罪种的定性和罪与非罪的判断上

　　重大劳动安全事故罪和重大责任事故罪是处理煤矿开采作业造成伤亡事故或其他严重后果的两个主要罪种，但在实践中如何准确界定罪名，把握犯罪，存在一定的困难，例如：李某承包某矿的二煤建造风井，同时聘请无证人员上岗，使用不符合规范的化纤风筒等设施，在采煤过程中瓦斯三对口极不健全，上述情形被主管部门发现后责令其停产整改，但李某未停产而是违规安排工人下井作业，继续开采原煤，后因瓦斯浓度偏高，通风不畅，瓦检员未检测瓦斯，工人在井下作业时发生火花引发瓦斯爆炸重大伤亡事故。对本案的定性存在两种观点，一是认为李某应定重大责任事故罪，因其在客观上已具有了违反规章制度的行为；二是认为李某应定重大劳动安全事故罪，李某在客观上因其设施不符规定，并经主管部门提出，但其置若罔闻，对事故隐患不采取措施，发生事故，故应定本罪。笔者认为李某在本案中属于一种行为触犯两种不同的罪名系牵连犯，应从一重处断，但两罪在刑罚上的量刑幅度相同，故在具体办案中无从选择，如系违反规章制度在造成瓦斯爆炸中占主导原因则应定重大责任事故，如因设施不健全在造成瓦斯爆炸中占主导地位应定重大劳动安全事故罪，但是囿于条件的限制，有时也难于作出科学的结论，在处理时，此罪与彼罪定性难。