由此，《中国食品安全战略研究》中指出，我国食品安全体系面临八大难题：
        1.微生物污染成为影响中国食品安全的罪魁祸首
        研究报告认为，微生物污染包括细菌性污染、病毒和真菌及其毒素的污染。据世界卫生组织估计，全世界每年有数以亿计的食源性疾病患者中，70％是由于各种致病性微生物污染的食品和饮水。
        卫生部官员表示，2000-2002年中国疾病预防控制中心营养与食品安全所对全国部分省市的生肉、熟肉、乳和乳制品、水产品、蔬菜中的致病菌污染状况进行了连续的主动监测，结果表明，微生物性食物中毒仍居首位，占39．62％，化学性食物中毒占38．56％，动植物性和原因不明的食物中毒均在10％左右。在微生物污染中，细菌性污染是涉及面最广、影响最大、问题最多的一种污染。在食品的加工、储存、运输和销售过程中，由于原料受到环境污染，杀菌不彻底，贮运方法不当以及不注意卫生操作等是造成细菌和致病菌超标的主要原因。
        2.投入品供给、农产品生产、加工以及销售等环节存在安全隐患
        报告指出，滥用或不当使用农药、兽药等农业投入品，致使农产品药物残留及有害物质超标。在中国杀虫剂中，有机磷农药产量占70％，在有机磷农药中高毒品种的产量又占70％。兽药安全性较低，滥用和超标使用现象严重。饲料中添加违禁药品的现象仍然比较严重。农业环境污染，直接造成了食品中重金属含量超标。
        重大动物疫情频繁发生，直接威胁人民健康。由于防疫机构不健全，手段落后，检验设备不完善，中国畜牧业疫病时起时伏。一些疫病重新抬头，呈地方性流行或流行性发生。同时，新的疫病不断出现。目前中国动物疫病尤其是人畜共患病呈现范围扩大的趋势
        国务院发展研究中心农村部部长韩俊认为，农产品生产、加工以及销售等环节仍然存在安全隐患。从生产环节来看，农户生产规模狭小，经营分散，农产品分级和包装技术水平低，溯源管理困难；在食品加工环节，大量家庭作坊式的小型食品企业根本不具备生产合格产品的必备条件；在流通过程，由于包装、储藏、运输等设施落后和管理不善，造成食品的二次污染；食品摊贩仍然占有很大比重，由于监管跟不上，从而成为传染病的传播中心。
        3.食品安全标准体系、检验检测体系、认证认可体系等方面还存在明显不适应性
        中国食品安全战略研究课题组人员认为，许多食品安全标准的制定没有以风险评估为基础，标准的科学性和可操作性都亟待提高。中国目前绝大多数食品标准还属于非常具体的质量指标与卫生安全　指标相混合的食品标准，造成监督困难，消费者也缺乏判断依据。标准体系仍不完善，很多重要标准尚未制定出来。相当一部分标准远低于国际标准。
        同时，食品认证体系多头管理、多重标准、重复认证、重复收费等问题还没有解决，认证体系的作用没有得到应有发挥。
        4.食品安全管理体制和法律法规体系有待完善
        中国在食品管理上形成了多部门管理格局，而且不同部门仅负责食品链的不同环节。职责不清、政出多门、相互矛盾、管理重叠和管理缺位现象突出。为了更好地协调各部门的食品安全管理工作，国家成立了国家食品药品监督管理局，但仍然没有从根本上解决部门职能交叉和管理活动缺乏一致性的问题。
        中国虽然有关于食品质量的总体性法规《食品卫生法》、《产品质量法》、《农业法》和《进出口商品检验法》，但这些法律对食品质量安全仅做了一些概要性规定，没能充分反映新形势下消费者对食品安全的要求。现有与食品安全有关的法律或法规，相互间协调和配套性差，可操作性不强
        5.食品安全科技成果和技术储备不足
        研究报告指出，长期以来，中国的食品科技体系主要是围绕解决食物供给数量而建立起来的，对于食品安全问题的关注相对较少。目前还没有广泛地应用与国际接轨的危险性评估技术，与发达国家相比，中国现行食源性危害关键检测技术仍然比较落后。中国食品安全控制技术还比较落后，清洁生产技术和产地环境净化技术缺乏且没有得到广泛应用，导致环境污染严重。
        目前，中国开发新型农药、化肥、兽药、饲料、食品添加剂、调味剂等投入品的能力较弱，缺乏具有自主知识产权的产品。
        6.新产品、新技术、饮食习惯变化以及新的产销方式给食品带来了潜在威胁
        近年来，中国新的食品种类主要为方便食品和保健食品　大量增加。很多新型食品在没有经过危险性评估的前提下，就已经在市场大量销售。方便食品和保健食品行业的发展给国民经济带来新的增长点，但也增加了食品安全风险。方便食品中，食品添加剂、包装材料与保鲜剂等化学品的使用是比较多的。保健食品不少原料成分作为药物可以应用，但不少传统药用成分并未经过系统的毒理学评价，作为保健食品长期和广泛食用，其安全性值得关注。
        转基因技术的应用一方面给食品行业的发展带来非常好的机遇，但转基因食品安全性不确定。判断转基因食品是否安全必须以风险分析为基础。目前，受管理、商业、社会、政治、学术诸多方面的限制，科学的统计数据很难获得，对转基因食品进行风险分析非常困难。这给食品安全带来了前所未有的挑战。
        7.食物中毒和食源性疾病仍然对中国食品安全构成明显威胁
        近年来，我国的重大食品安全事故屡有发生，而由致病微生物和其他有毒、有害因素引起的食物中毒和食源性疾病的发病率是衡量食品安全状况的直接指标。食源性疾病是中国的一个重要致病来源，也是食品安全问题最直接的表现之一。
        食物中毒报告是反映食品安全水平的一个重要方面。根据ＷＨ0估计，发达国家食源性疾病的漏报率在90％以上，而发展中国家则为95％以上。从目前的统计数字来看，中国每年食物中毒报告例数约为2万-4万人，但专家估计这个数字尚不到实际发生数的1／10，也就是说中国每年食物中毒例数至少在20万－40万人。
        按照卫生部提供的统计数字，中国最近几年的食品安全问题呈现出上升趋势。2003年卫生部共收到全国重大食物中毒事件报告379起，12876人中毒，323人死亡。与2002年比较，重大食物中毒的报告起数、中毒人数、死亡人数分别增加了196．1％、80．7％、134．1％。卫生部门近年的监测结果表明，从食品种类来看，动物性食品是中国主要的食物中毒原因食品，其中以肉及肉制品引起的食物中毒最多，为21．88％；其次为水产品占10．11％。中国的食物中毒主要发生在集体食堂占27．1％　和饮食服务单位占23．6％　，家庭和食品摊贩各约占10％。
        8.食品安全问题制约经济社会发展
        报告认为，食品安全问题导致的经济损失是非常大的。食品安全问题已经直接制约了中国食品出口。我出口食品多次在国外发生退货销毁事件，不仅造成了重大的经济损失，而且严重损害了中国产品在国际市场上的声誉。而在技术贸易壁垒中，食品安全卫生又是最为主要的原因。
        从国际上的教训来看，食品安全问题在严重危害人类身体健康的同时，也给民众造成了很大的心理恐惧与心理障碍。问题严重时，还影响到消费者对政府的信任。从2004年禽流感事件来看，食品安全事件与社会稳定密切相关，对政府的能力也是一种考验。
        如何对食品安全性进行控制呢？
        1.人实际掌握人类食物链
             人类食物生产规模的扩大，加工、消费方式的日新月异，储藏、运输等环节的增多以及食品种类、来源的多样化，是原始人类赖以生存的自然食物链，逐渐演化为今天由自然链和人工链组成的复杂食物链网。当然，这一方面满足了人口增长、消费水平的提高的要求，另一方面，也是人类因是风险增大多，确保食品的安全性成为现代人类日益重要的社会问题。
             食品安全性的隐患，可能产生于人类食物链的不同环节。首先，人类农牧业生产的生态环境，包括水、土、大气的质量是否良好，生物学环境是否健康无害，都会影响到食品的质量和安全性。农业措施不当引起生态环境退化或生态循环失调，可能是产量、品质下降，加剧农作物及养殖动物的病虫害，进而危及人类的食品安全。其次，在整个生产、流通和消费过程中，都存在着因管理不善使病原菌、寄生虫及有毒、有害化学物质进入人类食物链的机会。
        现代人类食物链可分为自然链和加工链两部分。从自然链部分来看，种植业生产中有机肥的搜集、堆制、施用，如忽视严格的卫生管理，可能将多种侵害人类的病原菌、寄生虫引入农田环境、养殖场和养殖水体，从而进入人类食物链。滥用化学合成农药或将其他有害物质通过施肥、灌水或随意倾倒等途径带入农田，可是许多合成的、难于生物代谢的有害化学成分在食物链中富集起来，构成人类食物中重要的危害因子。由于忽视动物保健及有害成分混入饲料的控制，可能导致真菌毒素、人畜共换病原菌、有害化学杂质等大量进入动物产品，只是残留在消费者体内，并长期超量积累，导致不良副作用，尤其多儿童可能造成严重后果。从人类食物链的加工链部分来看，现代市场经济条件下，蔬菜、水果、肉、奶、鱼及其他易腐败食品，在其储藏、加工、运输、销售的多个环节中如何确保不受危害因子侵袭而影响其安全性，这是经营者和管理者是重要认真对待的问题，不能有丝毫疏忽。食品加工、包装中滥用人工添加剂、防腐剂、包装材料等，也是现代食品生产中新的不安全因素。在食品送达消费者餐桌的最后加工制作完成前，清洗不充分、病原菌污染、过量食用能调味品、高温煎炸烧烤等，仍会使一些新生危害因子产生，形成新的饮食风险。
        有以上可见，食品安全性中的危害因子，可能产生于人类食物链的不同环节上，其中有些有害物质或成分特别是人工合成的化学品，可因生物富集作用而是出在食物链顶端的人类受到高浓度毒物质之害。认识处在人类食物链中不同环节的可能危害因子及可能引发的饮食风险，掌握其发生和发展的规律，是有效控制食品安全性问题的基础。
        2．建立和完善确保食品安全性的社会管理体系
        加强食品安全性的管理控制，既是社会进步的需要，也是民族健康的保证。历史的经验和国内外的发展形势都说明，确保食品的安全性必须建立其完善的社会管理体系。
        确保食品生产和提供中的安全性是食品生产者、供应者、管理部门的共同责任，应通过完善的国家立法及地方或部门法规明确规定各自的责任。消费者有权获得安全无害的食品，拒绝权危害食品。严禁生产、供应、销售含有危害因子及在正常食用条件下可能引起健康损害的食品。严禁食品生产、加工、保藏过程中违反规定，滥用、超量使用农药、兽药、添加剂及其他有毒、有害化学品。一切农用化学品及其他用于食品加工、保藏、制作的化学品再推向市场前必须提供其对食品安全无害的科学依据，获准应用许可。管理部门应制定每种化学品用于不同农作物或家畜家禽的安全使用量、使用规程及残留标准。对滥用化学品引起消费者健康损害的，应予追究。不言而喻，任何立法必须由执法的有效配合才有意义。
        随着农业和食品行业的发展，农药、兽药、食品添加剂和食品添加剂的种类、用量及适用范围急速增长。在缺乏有效管理的条件下，这种形势将愈演愈烈，假期那个药物管理是一项根本对策。加强药物管理的核心问题是建立适合我国情况的化学品风险评估和风险管理制度。风险评估一般包括危害物确认、剂量反应评价、风险评定等几个不同的步骤。做好这些工作显然必须取得在我国具体条件下的相应数据。通过风险评估，应针对食品评估基础上的风险管理，其最终目的就是要确保消费者对特定化学品的摄入量低于某种允许水平，从而将可能引起的风险降至最低。风险管理还要求进行定期的食品安全性检验，搜集有关化学品的资料，及时向消费者传达有关饮食的风险信息等。
        3.消费者的自我保护
        在食品安全性问题上，消费者自我保护十分重要。食品的安全性知识解决人类食物问题上的一个方面，尽管它是社会进步的重要标准，但并非在任何时间、地点、条件下都会受到足够的重视和保障，致使某种食品风险防范问题将长期存在。食品安全性状况在很大程度上还决定于市场对食品安全的需求和对不安全食品的排斥，这与消费者作出的选择有重大的关系。无论如何，不安全食品对消费者造成的伤害，最终是通过消费过程发生的。消费者的食品安全性意识和自我保护能力，对消费过程中的食品安全性控制起着关键性的作用。
        食品中最常见的危害因子包括物理的、化学的和生物的几大类。起啊中，一生物危害发生较为普遍。由于环境条件复杂多变及和有害生物之间的共同进化关系，随生物性危害的人和解决办法都难以一劳永逸，而只能持之以恒的严加防范。化学性危害迄今是风险日益增大的一类，其中，某些现代技术条件下生产的农畜产品及加工食品，起有害化学品残留引起饮食风险最为常见，是需要消费者重视的，善于选购安全性好的食品，食用前适当处理、加工、制作，可能把这类风险降至最低限度。
        食物多样化和荤素搭配，有利于兼顾营养和饮食安全的双重目标。我国传统饮食习惯主张少食生冷，这在一定条件下有利于保障饮食的安全。过度追求某些西方的或现代商业化的饮食方式，从安全性来见看未必是可取的。至于喜欢偏食、重口味和讲排场，导致一些有害化学物质多次、反复、过量摄入，以证明是极其有害健康的。
        购买食品，美味、价格、质量与安全性应与同等重视。在管理、信誉良好的购物场所，一般可以买到让人较为放心的食品。保证食品安全性要付出一定的代价，购买便宜食品要权衡利害得失。善于利用社会提供的食品安全性服务来指导购物，会是饮食风险大大减少，如查看食品标签、食用方法和保质期限，识别校验的商标，注意有关部门的认证评价等。
        现代家庭厨房设施条件一般方便了制作和储存食品，但这不是绝对的。热炸、烧烤的便利可能增加多环芳烃类物质的产生和进入饮食的几率。冰箱污染而且长期存放食品，可能为致病微生物危害食品安全创造机会。食品保藏条件的改善可能增加吃残剩和过期食物的比重而有害健康。滥用调味品、化学清洁剂等可能引起新的化学危害因子进入食品或人体的机会。重视厨房、餐厅卫生，重视购入食品的清洁、消毒，及时食用，重视家庭不同成员对食品危害因子敏感性及抵抗力的差异，对于保障家庭饮食安全至关重要。