在日常工作中接受和处理新鲜标本（如手术中需要做冰冻的标本、体液或穿刺细胞学标本和尸体解剖等工作）或福尔马林固定的组织标本等工作均涉及到有关人员的防护，实验器具、工作台面和场所的清洁和消毒处理，以及废弃标本、纱布、棉签、注射器、刀片和针头等的处理及一些传染病的申报。根据传染病防治法、医院感染管理规范和医疗废物管理条例，结合具体情况，制定相关的生物安全管理制度：
1. 成立病理科生物安全管理小组，由病理科主管医疗的主任或副主任任组长，各副主任、技术组主管和医疗秘书等。
2. 定期举行管理小组会议，讨论科室生物安全问题，监督相关规则的落实情况，及时发现问题、解决问题。
3. 定期组织科室人员学习相关的法律、法规，强化医院感染和感染防护和控制意识。
4. 组织取材室、细胞技术室及手术冰冻切片室等属污染空间，均安装空气消毒机，取材工作台安装紫外线。
5. 医疗废物的处理，严格按照医疗卫生机构废物管理办法、医疗废物管理条例和医院的有关规定进行各类废物的标识、存放和处理，有完备的标本接收登记程序和纸质记录，并有专人负责。常见的四种医疗废物处理如下：
1) 病理性废物：由医院工人负责清运至特定地点进行焚化处理；
2) 福尔马林等液体行化学废物均使用专门容器储存并标记，由具有相关废物处理资质单位进行收集并处理；
3) 废酒精和二甲苯经回收设备进行回收处理后的残余固体性废物装袋、结扎和标记，由医院工人收集和处理；
4) 损伤性废物存放于损伤性废物专用容器内，由医院专人收集和处理；
5) 感染性废物用有标记的专用袋盛装、结扎和标记，当日下午有医院工人收集，同一处理。
6) 每日取材后、制片后申请单放入消毒柜内进行臭氧消毒。
6. 传染病疫情申报：主要是院外会诊病例中经我科确诊的在我国传染病防治法中列出的必须申报的各类法定传染病病种。
1) 甲类传染病（2种）：鼠疫、霍乱；
2) 乙类传染病（25种）：传染性非典型肺炎、艾滋病、病毒性肝炎、人感染高致病禽流感、麻疹、流行性出血热、狂犬病、流行性乙脑脑炎、登革热、炭疽、细菌性和阿米巴性痢疾、肺结核、伤寒和副伤寒、流行性脑脊髓膜炎、百日咳、新生儿破伤风、猩红热、布鲁氏菌病、淋病、梅毒、钩端螺旋体病、血吸虫病、疟疾；
3) 丙类传染病（10种）：流行性感冒、流行性腮腺炎、风疹、急性出血性结膜炎、麻风病、流行性地方性斑疹伤寒、黑热病、包虫病、丝虫病、感染性腹泻（除霍乱、细菌性和阿米巴痢疾、伤寒和副伤寒以外的感染性腹泻）。