第十六条船舶航经狭水道及特殊水域时，应当遵守海事管理机构有关避让和限速的规定，听从海事管理机构的指挥。
　　
　　船舶在大马礁以下闽江通海航道航行时，同吨位等级的，逆水船应当避让顺水船；遇有三千总吨以上船舶航行时，不足三千总吨的船舶应当及时让出深水航道。
　　
　　船舶进出港航经马祖印灯浮与中沙灯浮间航道之前，应当鸣放一长声示警，并保持甚高频无线电话的联系。航经马祖印灯浮与中沙灯浮间航道时，同吨位等级的，轻载船应当让重载船。船舶通过金牌门时，五千总吨以上船舶不得会遇，不足五千总吨的船舶不得妨碍五千总吨以上船舶航行。
　　
　　三千总吨以上的船舶不得在马祖印灯浮至中沙灯浮之间航段、闽安门东高寨(南搬)灯桩至青洲大桥之间的航段追越或者并排航行。一千总吨以上的船舶不得在魁岐码头至鳌峰大桥之间的航段追越或者并排航行。
　　
　　第十七条高速客船在港内航行，最高静水航速不得超过十五节。高速客船未经海事管理机构批准不得夜航。
　　
　　高速客船在港口水域航行时，应当主动让清所有非高速船舶，在与他船有碰撞危险时，应当按照避碰规则规定采取避让措施。
　　
　　第十八条船舶航行、移泊时，船上的艇筏、舷梯和吊杆、输送带等不得伸出舷外。
　　
　　船舶、设施停泊时伸向可供他船航行一侧水域的装卸货设备应当调整到不妨碍他船正常航行的位置，夜间应当将其端部照亮。
　　
　　第十九条二万吨级以上船舶进入闽江口内港区青洲大桥以下水域，一万吨级以上船舶进入青洲大桥至大马礁之间水域，三千吨级以上船舶进入闽江口内港区大马礁以上水域，应当事先向海事管理机构报告，海事管理机构应当在四十八小时内组织作出技术评估，并予以答复，不符合安全条件的，不得进港。
　　
　　第二十条船舶在靠离码头、系解浮筒和港内掉头时应当显示信号，采取有效措施保持与外界联系，避让过往船舶。
　　
　　过往船舶应当注意瞭望，协同避让。
　　
　　第二十一条船舶停泊时，应当留有足以保证船舶安全操作的船员。五百总吨以上(或者主机功率750千瓦以上)海船、六百总吨以上(或者主机功率441千瓦以上)内河船舶的船长和大副，轮机长和大管轮不得同时离船。船舶防抗自然灾害时，应当服从有关部门的统一指挥和部署。
　　
　　第二十二条船舶应当根据本船的种类和吨位大小、吃水状况在公布的锚地范围内锚泊，并服从海事管理机构指令。
　　
　　在修造船厂修造期间无动力的船舶不得在港口水域锚泊。
　　
　　禁止船舶在航道、调头区、港池内和禁锚地锚泊。遇特殊情况需要紧急抛锚时，应当立即报告海事管理机构、港口行政管理部门，用甚高频无线电话等有效手段通报过往船舶，显示规定信号，并采取措施及时离开。
　　
　　第二十三条码头经营人应当根据航道状况、码头设计靠泊能力和规定的靠泊宽度，安排具有足够水深、长度和相应设施的泊位供船舶靠泊。在船舶靠离泊前半小时清理码头前沿及调头区域，并按照规定显示信号。
　　
　　码头设施不得妨碍船舶靠离泊安全。
　　
　　第二十四条港内停泊的船舶舷梯应当稳固并设有栏杆、安全网，夜间应当有足够的照明。
　　
　　第二十五条进行供油、供电、供水、维修、海上过驳、船舶污染物接收等作业的船舶需进行并靠的，在码头时的并靠宽度不得超过泊位的设计靠泊宽度，在锚地时的并靠总宽度不得超过三十米。
　　
　　一千总吨以上或者载运危险货物的船舶除前款规定的作业外与其他船舶不得并靠，确需并靠的，应当向海事管理机构提出并靠申请，海事管理机构接到申请后，应当在二十四小时内作出是否批准的决定。
　　
　　第二十六条船舶在锚地过驳作业，应当在相应的生产作业锚地内进行。生产作业锚地由港口行政管理部门设定并由海事管理机构及时公布。
　　
　　船舶不得在未取得港口经营许可证的码头靠泊作业。
　　
　　第二十七条禁止在航道、港池、调头区、警戒区、避航区、锚地、推荐航线内进行养殖、捕捞作业。
　　
　　除航道、港池维护疏浚外，禁止在闽江口内港区的营前深水区、马尾青州作业区至松门煤码头河段、松门田螺湾,闽安门、中沙、金牌门水域进行采砂作业。
　　
　　第二十八条船舶在港内从事下列活动，应当提前二十四小时向海事管理机构书面报备：
　　
　　(一)船舶拆修锅炉、主机、锚机、舵机、电台；
　　
　　(二)船舶试航、试车、系泊试验；
　　
　　(三)船舶放艇(筏)进行救生演习；
　　
　　(四)船舶烧焊或者明火作业；
　　
　　(五)船舶悬挂彩灯；
　　
　　(六)船舶校正磁罗经；
　　
　　(七)船舶从事供油作业；
　　
　　(八)船舶在港内进行可能影响船舶和港口安全的其他作业。